サニテーションは人間活動に関わる廃棄物や水質を対象としており、衛生的な処理による健康被害の防除から家庭排水や工場排水の適切な処理や再利用による河川や湖沼の公共用水域の水質汚濁の防止まで、幅広くカバーしています。さらには都市部での雨水排除までも含みます。
JSCの活動目的はアジア・太平洋地域の衛生施設へのアクセスが容易でない国への支援をすることや公衆衛生の改善や水質汚濁の防除のために衛生施設を改善し、普及することにあります。また、現地の国の状況やニーズに合った適切な技術の選択のためのマトリクスのように、サニテーション問題に取り組むそれぞれの国の解決法や運営方針を提案していくことも目指しています。
さらに、サニテーションに対する政策、能力や投資の改善を促進するために、JSCは日本政府、国際援助機関やアジア・太平洋地域の国々との積極的な連携を通じて収集した情報を整理、普及、そして、共有することを目指しています。